1.股份制改造
新三板市场主要以非上市股份有限公司为主，目前尚处于有限公司阶段的拟挂牌公司首先需要启动股改程序。根据 试点办法 的要求，拟挂牌公司需成立满两年，为保证公司业绩的连续性，拟挂牌公司应以股改基准日经审计的净资产值整体折股即由有限公司整体变更为股份公司。
2.主办券商尽职调查
尽职调查是指主办券商遵循勤勉尽责、诚实信用的原则，通过实地考察等方法，对拟挂牌公司进行调查，有充分理由确信公司符合试点办法规定的挂牌条件以及推荐挂牌备案文件真实、准确、完整的过程。
主办券商针对拟挂牌公司设立专门的项目小组，至少包括注册会计师、律师和行业分析师各一名，并确定项目小组负责人。项目小组制定项目方案，协调其他中介机构及拟挂牌公司之间的关系，跟进项目进度。资产评估公司、会计师事务所、律师事务所等中介机构完成相应的审计和法律调查工作后，项目小组复核 资产评估报告 审计报告 、 法律意见书 等文件，根据 主办券商尽职调查工作指引 ，以财务、法律和行业三个方面为中心，开展对拟挂牌公司内部控制、财务风险、会计政策稳健性、持续经营能力、公司治理和合法合规等事项的尽职调查，发现问题，梳理问题，理顺关系，与拟挂牌公司、中介机构通力合作，彻底解决拟挂牌公司历史上存在的诸如出资瑕疵、关联交易、同业竞争等问题，建立健全公司法人治理结构，规范公司运作，协助公司制定可行的持续发展战略，帮助企业家树立正确的上市和资本运作观念，把握企业的营利模式、市场定位、核心竞争力、可持续正常潜力等亮点并制作 股份报价转让说明书 、 尽职调查报告 及工作底稿等申报材料。
3.证券公司内核
这是新三板挂牌的重要环节，主办券商内核委员会议审议拟挂牌公司的书面备案文件并决定是否向协会推荐挂牌。
主办券商新三板业务内核委员会对前述项目小组完成的 股份报价转让说明书 及 尽职调查报告 等相关备案文件进行审核，出具审核意见，关注项目小组是否已按照 尽职调查工作指引 的要求对拟推荐公司进行了勤勉尽责的尽职调查;发现拟挂牌公司存在的仍需调查或整改的问题，提出解决思路;同意推荐目标公司挂牌的，向协会出具 推荐报告 。
4.报监管机构审核
这是新三板挂牌的决定性阶段，中国证券业协会审查备案文件并做出是否备案的决定。
通过内核后，主办券商将备案文件上报至协会，协会决定受理的，向其出具受理通知书，自受理之日起五十个工作日内，对备案文件进行审查，核查拟挂牌公司是否符合新三板试点办法和挂牌规则等规定，如有异议的可以向主办券商提出书面或口头的反馈意见，由主办券商答复。无异议的，则向主办券商出具备案确认函。
协会要求主办券商对备案文件予以补充或修改的，受理文件时间自协会收到主办券商的补充或修改意见的下一个工作日起重新计算。
协会对备案文件经多次反馈仍有异议，决定不予备案的，应向主办券商出具书面通知并说明原因。
5.股份登记和托管
依据 试点办法 的要求，投资者持有的拟挂牌公司的股份应当托管在主办券商处，初始登记的股份应托管在主办券商处。推荐主办券商取得协会备案确认函后，辅助拟挂牌公司在挂牌前与中国证券登记结算有限责任公司签订证券登记服务协议，办理全部股份的集中登记。
综合以上5步来看，新三板挂牌较主板市场、创业板和中小板上市较快。一般而言，如果拟挂牌新三板的公司需进行股改的，大约需要2-3个月;主办券商进场尽职调查及内核大约1-2个月;协会审查(包括反馈时间)需要2个月;经协会核准后可以进行股份登记挂牌，全部流程预计需要半年左右的时间，当然，如果企业自身存在法律或财务等某方面的障碍需要整改的，前述时间会随着整改进度而有所调整。
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